عباس دهقان چندین سال است که درگیر زندان و بند و حبس و ظلم جمهوری اسلامی است. او نخستین بار در سال ۱۳۹۶، و مشخصا زمستان آن سال بازداشت شد. دهقان که جزء جمع دراویش گنابادی بود در اعتراضات مشهور دراویش به بازداشت نعمت‌الله ریاحی – درویش گنابادی – همراه با دیگر یاران خود تجمع کرده بود که منجر به بازداشت آنان شد. در تجمعات آن ماه از سوی دراویش که بیشتر در منطقه پاسداران و خیابان گلستان هفتم تهران انجام گرفت، تا ۵۰۰ تن بازداشت شدند.
اگرچه برخی از این افراد زودتر آزاد شدند ولی افرادی همچون عباس دهقان در بازداشت ماندند. بنا به گفته اطلس زندان‌های ایران، عباس دهقان «در دوران اولیه بازداشت خود به شدت تحت شکنجه قرار داشت. دادگاه جنایی در ابتدا برای او یک پرونده گشوده بود».
در فروردین ۱۳۹۷ بود که سازمان عفو بین‌الملل نیز با انتشار بیانیه‌ای تصریح کرد که چند تن از دراویش گنابادی همچون آقای عباس دهقان تحت «رفتارهای بی‌رحمانه و غیرانسانی» هستند. گفته می‌شود حتی عباس دهقان تهدید شده بود که «اگر اعتراف نکند به همسرش در برابر او تجاوز خواهد شد».
عباس دهقان در سال ۱۳۹۷ همچنان در زندان بود که دخترش به دنیا آمد و او نتوانست به دنیا آمدن فرزند خویش را ببیند.
در سال ۱۳۹۹ نیز دستگاه سرکوب تصمیم گرفت زندانیان درویش گنابادی همچون عباس دهقان را به زندان تهران بزرگ موسوم به فشافویه انتقال دهد. در زندان تهران بزرگ به گفته خانم عبدی‌پور که اخبار دراویش زندانی را منعکس می‌کند، دستگاه سرکوب زندان تصمیم می‌گیرد ۴ درویش زندانی را از هم جدا کرده و علی‌رغم شیوع کرونا در سالن‌های مختلف پخش کند که به علت مخالفت و مقاومت آن‌ها موفق نمی‌شود و زندانیانی چون کیانوش عباس‌زاده، محمد شریفی‌مقدم، مصطفی عبدی و عباس دهقان در کنار هم می‌مانند.
بالاخره و علی‌رغم چند سال بازداشت و بلاتکلیفی و شکنجه و سرکوب، نهایتا عباس دهقان در زمستان ۱۳۹۹ بابت چندین اتهام از سوی دستگاه سرکوب و «دادگاه» انقلاب مورد محاکمه قرار می‌گیرد. اتهاماتی چون «اجتماع و تبانی برای اقدام علیه امنیت ملی» و «اخلال در نظم عمومی» به او وارد می‌کنند. مصادیق این اتهامات، توهین به ماموران، ضرب و شتم بسیجیان، شروع به قتل محمدحسین حدادیان – بسیجی‌ای که جمهوری اسلامی مدعی شد به دست دراویش کشته شده است – و دیگر مصادیقی از این دست بوده است.
«علیرضا پاشافر» به عنوان «قاضی دادگاه» بدوی برای عباس دهقان ۱۱ سال و شش ماه حبس تعزیری و ۷۴ ضربه شلاق و ۱۴۰ میلیون دیه صادر می‌کند که این حکم عینا در «دادگاه» تجدیدنظر توسط «احمد زرگر» تایید می‌شود.
پس از آغاز حبس و در دوران زندان نیز آزار و شکنجه عباس دهقان وجود داشت. به عنوان نمونه «ابراهیم الله‌بخشی» که از همراهان آنان بود در توییتر خود نوشت: «محمد شریفی‌مقدم، عباس دهقان و مصطفی عبدی از دراویش گنابادی محبوس در زندان تهران بزرگ به دلیل بحث‌کردن با پیروزفر معاون زندان ممنوع الملاقات شدند.»
عباس دهقان در زندان نیز تجسم شجاعت‌پیشگی است. او در سالگرد قتل بهنام محجوبی در زمستان ۱۴۰۰ از درون زندان فایلی صوتی فرستاد و در آن به شدت به دستگاه سرکوب حمله کرد و آن‌ها را متهم کرد که عامدانه بهنام محجوبی را به قتل رساندند. او همچنین از قتل نوید افکاری و شاهین ناصری و بکتاش آبتین یاد کرد و امثال بهنام محجوبی را جزء کسانی دانست که: «توحش این نامردمان را به گوش مردم ایران می‌رساند».