در دومین دوره ریاست جمهوری «علی خامنه‌ای» اتفاقات دوران سازی در تاریخ جمهوری اسلامی رخ دادند که هرکدام بر سرنوشت و سمت و سوی این نظام تازه تأسیس، تأثیر غیرقابل انکاری داشتند؛ از جمله می‌توان از تشکیل مجمع روحانیون مبارز نام برد که با صدور یک بیانیه در اسفند ۱۳۶۶ و با موافقت آیت الله خمینی تشکیل شد. ریشه شکل گیری این تشکل به اختلافات درونی در درون جامعه روحانیت مبارز بر می‌گشت که بیشتر سویه‌های اقتصادی داشت و منجر به جدایی روحانیون حامی نخست وزیر و اقتصاد دولتی از جامعه روحانیت مبارز شد. تشکیل مجمع تشخیص مصلحت نظام در بهمن ۱۳۶۶ در پی اختلاف نظرهای حل ناشدنی بین مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان، نیز از دیگر رویدادهایی بود که یک نهاد تاثیرگذار و مهم را به مجموعه نهادهای فعال در جمهوری اسلامی اضافه کرد.
پذیرش قطعنامه ۵۹۸ و آتش بس بین ایران و عراق در ۲۶ تیر ۱۳۶۷، از دیگر موضوعات مهمی بود که بالاخره پس از کش و قوس‌های فراوان انجام پذیرفت و به جنگی هشت ساله پایان داد. کشتار زندانیان سیاسی در تابستان سال ۶۷ در زندان‌های کشور به دستور مستقیم آیت الله خمینی، که طی برآوردهای معتبر، نزدیک به چهارهزار زندانی سیاسی در جریان آن اعدام شدند از جمله اتفاقاتی بود که سعی شد در خفای کامل انجام بپذیرد. سلسله اتفاقات مربوط به آیت الله منتظری و در نهایت استعفای او از قائم مقامی رهبری در فروردین ۶۸، درگذشت آیت الله خمینی در خرداد همان سال و نیز دستور آیت الله خمینی به بازنگری قانون اساسی در اردیبهشت همان سال و در نهایت درگذشت آیت الله خمینی در خرداد ۶۸، از دیگر اتفاقاتی بودند که در جریان دومین دوره ریاست جمهوری علی خامنه‌ای رخ دادند.
اما خامنه‌ای در چهارسال دوم ریاست جمهوری خود همچنان با مساله محدودیت اختیارات رییس جمهور رو به رو بود و آن را مانعی جدی در راه تحقق ایده‌های مطلوب خود و وعده‌های انتخاباتی خود می‌پنداشت. سخنان خامنه‌ای به مجرد آغاز دور دوم ریاست جمهوری نیز، خود بیانگر مسائلی بود که او خود را با آن‌ها درگیر می‌دید؛ خامنه‌ای در ۱۵ شهریور ۱۳۶۴ در نماز جمعه تهران و در قامت رییس جمهور جدید، مهم‌ترین وظیفه رییس جمهور را «تحقق مطالبات مردم» می‌داند. او همچنین در مراسم تحلیف ریاست جمهوری در ۱۷ شهریور، و در حضور آیت الله خمینی و مسئولان درجه یک کشوری، مشکلات اصلی اقتصادی کشور را «وابستگی به درآمد نفت»، «فقدان یک برنامه همه جانبه اقتصادی» و «گرایش به دولت سالاری» می‌داند.
اما مشکلات او با «میرحسین موسوی» – نخست وزیر وقت – نیز ادامه پیدا کرد و با اینکه در ابتدای دور دوم ریاست جمهوری خود عزم کرده بود نخست وزیر دیگری به مجلس معرفی کند، مجبور شد با حکم غیررسمی آیت الله خمینی، تن به نخست وزیری موسوی بدهد. خمینی بر روی ابقای میرحسین موسوی در پست نخست وزیری اصرار داشت و با اینکه مایل به صدور حکم رسمی در این باره نبود، اما در یک دیدار با روحانیون نزدیک به خامنه‌ای (که برای میانجیگری و تغییر نظر خمینی نزد او رفته بودند)، نه تنها روی نظر خود مبنی بر نخست وزیری میرحسین موسوی اصرار کرد بلکه انتخاب غیر از او را «خیانت به اسلام» دانست. «علی اکبر ناطق نوری» – که یکی از روحانیون حاضر در آن جمع بود – روایتی اینگونه دارد: «در محل دفتر ریاست جمهوری خدمت آقای خامنه‌ای رفتیم و ماجرا را خدمت ایشان شرح داده و گفتیم این دیگر حکم است. امام فقط لفظ حکم را نگفتند. امام تا آخر ایستاده است. این که ایشان می‌فرمایند جز موسوی خیانت به اسلام است، حکم است.»
مشکلات خامنه ای با میرحسین موسوی در دور دوم ریاست جمهوری نیز ادامه پیدا کرد
به هرترتیب، علی رغم میل خامنه‌ای، در مهر ۶۴، میرحسین موسوی به عنوان نخست وزیر معرفی می‌شود و در ۲۱ مهر، مجلس به میرحسین موسوی رأی اعتماد می‌دهد. البته مشکلات بین رییس جمهور و نخست وزیر در همین جا خاتمه نیافت و موسوی که بر ایده‌های خود اصرار و ابرام می‌ورزید، چنان فضا را بر خود تنگ دید که در ۱۴ شهریور ۱۳۶۷ استعفا می‌دهد. اختلاف او با خامنه‌ای و طیفی از نمایندگان مجلس شورای اسلامی که حامی رییس جمهور بودند، دلیل این استعفا قلمداد می‌شود. اما خمینی با این استعفا برخورد تندی می‌کند و ضمن انتقاد از اینکه چرا موسوی او و «دیگر مسئولان رده بالای نظام» را در جریان نگذاشته بود، میرحسین موسوی را مکلف به همکاری با دولت می‌کند و از او می‌خواهد که به کار خود ادامه دهد. موسوی نیز پس از این واکنش آیت الله خمینی، استعفای خود را پس می‌گیرد.
علی رغم همه این تحولات، علی خامنه‌ای با حمایت مستقیم هاشمی رفسنجانی در خرداد ۱۳۶۸ به رهبری نظام جمهوری اسلامی می‌رسد. خامنه‌ای رییس جمهور نیز بود و درواقع کشور رییس جمهوری داشت که رهبر نیز بود. با توجه به این مساله، وزارت کشور تصمیم می‌گیرد انتخابات را کمی زودتر از حد معمول برگزار کند و ششم مردادماه به عنوان تاریخ برگزاری انتخابات ریاست جمهوری و نیز همه پرسی پیرامون اصلاحات قانون اساسی اعلام می‌شود. در فرایند بازنگری قانون اساسی در بهار و تابستان ۶۸، از جمله پست نخست وزیری حذف شده بود و اختیارات این سمت به رییس جمهور منتقل شد.
به هرترتیب، در چنین فضایی و با چنین تغییرات ساختاری در لایه های اجرایی و مدیریتی کشور، فرایند پنجمین دوره انتخابات ریاست جمهوری آغاز شد و ۷۹ نفر داوطلب کاندیداتوری ریاست جمهوری شدند. در ۱۹ تیرماه، شورای نگهبان، «علی اکبر هاشمی رفسنجانی» و «عباس شیبانی» را به عنوان افراد صاحب صلاحیت اعلام می‌کند. نهایتا در ششم مردادماه، پنجمین دوره انتخابات ریاست جمهوری انجام می‌شود. بیش از ۱۴ میلیون نفر در انتخابات شرکت کردند و از آن میان، هاشمی رفسنجانی با کسب بیش از ۱۳ میلیون رأی، اکثریت قاطع آرا را به دست آورد.
تبلیغات انتخاباتی نامزدهای ریاست جمهوری
با توجه به اینکه جنگ به تازگی تمام شده بود و حجم خرابی و آوار روی کشور سنگینی می کرد، بدیهی بود شعار کاندیداها نیز حول مسائل اقتصادی و سازندگی بچرخد. در محافل سیاسی، نام اکبر هاشمی رفسنجانی به عنوان رییس جمهور بعدی مطرح بود. خود رفسنجانی در یک کنفرانس مطبوعاتی، پنج روز پس از فوت آیت الله خمینی ادعا کرد او منتظر بوده تا کسی از «شخصیت های ایران» اعلام نامزدی کند که چون کسی آمادگی این را نداشت، او «ناچار» پذیرفت کاندیدای ریاست جمهوری شود.
او همچنین در آن کنفرانس تاکید می کند که کشور نیاز به یک «قدرت اجرایی متمرکز» دارد تا بتواند به مشکلات کشور سروسامان بدهد. او بر توجه به زندگی مردم و «رونق اقتصادی کشور» تاکید می کند. با توجه به حمایت همه جانبه گروه های سیاسی از هاشمی رفسنجانی و نیز سردبودن عرصه رقابت، بعید بود شخصی غیر از رفسنجانی رییس جمهور دوره جدید شود، اما با این حال دیگر کاندیدا – عباس شیبانی – نیز اصرار داشت که نیامده است که برود.
عباس شیبانی در سال ۱۳۱۰ در تهران به دنیا آمد. فعالیت سیاسی خود را در جبهه ملی آغاز کرد. او که از جمله افراد تاثیرگذار جبهه ملی بود ولی گرایش‌های مذهبی داشت، همراه با بازرگان، طالقانی و سحابی به تأسیس نهضت آزادی اقدام کرد و عضو شورای مرکزی این گروه شد. او که پیش از انقلاب سابقه زندان داشت، پس از انقلاب از گروه‌های ملی گرا و ملی – مذهبی فاصله گرفت و از جمله مؤسسین حزب جمهوری اسلامی شد. او همچنین عضو شورای انقلاب و وزیر منصوب این شورا، عضو مجلس خبرگان قانون اساسی و نماینده در مجلس شورای اسلامی بود. شیبانی سعی داشت در عرصه خود را نشان بدهد و در ارائه برنامه اقتصادی پس از جنگ از رقیب قدر خود عقب نماند. او یکی از مهم ترین برنامه هایش را در عرصه کشاورزی اعلام کرد و تاکید کرد که تلاش خواهد کرد تا بهره برداری کامل از آب وخاک کشور صورت بگیرد. عباس شیبانی همچنین قول داد در صورت ریاست جمهوری او خبری از قطعی برق در کشور نخواهد بود.
اکبر هاشمی رفسنجانی در سال ۱۳۱۳ در روستای بهرمان در حوالی رفسنجان و در خانواده‌ای کشاورز و روحانی متولد شد. در سال ۱۳۲۷ به حوزه قم رفت و در آنجا ارتباطات خود را کم کم با گروه‌های منتقد حکومت گسترش داد. پس از انقلاب اسلامی یک کتاب درباره فلسطین ترجمه کرد و یک کتاب نیز درباره امیرکبیر تألیف کرد. چندین بار از سوی ساواک بازداشت و بازجویی و زندانی شد. پس از پیروزی انقلاب اسلامی از نزدیک‌ترین افراد به آیت الله خمینی بود و عضو شورای انقلاب و سرپرست وزارت کشور شد. در ادوار سه گانه مجلس شورای اسلامی، پیش از سال ۶۸، نماینده مردم تهران و رییس مجلس شورای اسلامی بود. او در خرداد ۶۸ و در جریان انتخاب علی خامنه‌ای به رهبری نیز نقشی بسیار مهم بازی کرد و از عوامل اصلی به رهبری رساندن او بود.
هاشمی رفسنجانی از عوامل اصلی به رهبری رساندن خامنه ای بود. تصویر مربوط به مراسم تنفیذ ریاست جمهوری هاشمی رفسنجانی در ماه های آغازین رهبری خامنه ای است.
هاشمی رفسنجانی در تبلیغات انتخاباتی خود، «توسعه صنعتی، اقتصادی و کشاورزی» را مهم ترین اولویت برنامه های خود اعلام می کند. او در یکی از سخنان انتخاباتی خود، دیدگاه خود درباره چگونگی اداره اقتصادی کشور در دوران پس از جنگ را به صراحت بیان می کند: «تمرکز دولتی در حال جنگ یک ضرورت بود و حالا این ضرورت به آن شکل وجود ندارد، بنا داریم آزادی های وسیعی در زمینه تجارت و تولید به مردم بدهیم .» او همچنین درباره نوع نگاه خود به بخش خصوصی گفت: «تولید مساوی است با استقلال و رونق اقتصادی کلید حل همه مشکلات اقتصادی است، باید بخش خصوصی با اطمینان وارد میدان تولید شود و احساس امنیت کند. اگر تولید بالا برود و امکانات مردم در تولید بیشتر به کار گرفته شود، مشکلی پیش نخواهد آمد.»
هاشمی رفسنجانی در دوران نخست وزیری میرحسین موسوی با سیاست های اقتصادی دولت او همراه بود و بنا به ادعای برخی از وزرای راست گرای کابینه میرحسین موسوی، «به شدت چپ گرا» بود. اما او وقتی رییس جمهور شده بود، دیدگاه های اقتصادی اش نیز کاملا عوض شده بود. «احمد توکلی» – وزیر کار و امور اجتماعی در دولت میرحسین موسوی – این را به «واقع گرایی» هاشمی رفسنجانی نسبت می دهد و برخی تحلیلگران نیز سفر او به کشورهایی چون ژاپن را عامل اصلی تغییر و تحول هاشمی رفسنجانی قلمداد می کنند. شخصیت های تجدیدنظرطلب اقتصادی دولت نیز که از نوع نگاه میرحسین موسوی به اقتصاد خسته بودند به همکاری با هاشمی رفسنجانی علاقه نشان می دهند و حتی یکی از آن ها – «مسعود روغنی زنجانی» – در ستایش از رفسنجانی به او لقب «بیزینس من» می دهد.