اگر علی شریعتی از «مذهب علیه مذهب» می‌گفت، حبیب‌الله آشوری از جنگ عمامه‌ها حرف می‌زد و این نگرانی که جنگ عمامه‌ها که راه بیفتد چه‌ها که نخواهد شد. جنگ عمامه به راه افتاد و حبیب‌الله آشوری در این جنگ نابرابر جانش را داد.
جمهوری اسلامی این روحانی را در ۲۸ شهریورماه ۱۳۶۰ و بر اساس فتوای ارتدادی که مصباح یزدی و ابوالقاسم خزعلی صادر کرده بودند، اعدام کرد.
سال ۶۰ مصباح یزدی وآیت‌الله خزعلی حکم فتوای ارتداد او را صادر کردند
دوستی نزدیک و قدیمی حبیب‌الله آشوری با علی خامنه‌ای مانعی نشد تا جان آشوری حفظ بشود چرا که خامنه‌ای نیز بر اساس اختلافی که در قدیم و بر سر کتاب «توحید»ِ آشوری با او پیدا کرده بود از او کینه به دل داشت.
حبیب‌الله آشوری پیش از انقلاب از روحانیان مخالف حکومت شاه بود که خواهان برافتادن حکومت شاه و برقراری یک حکومت اسلامی و توحیدی بود.
کتاب «توحید» را که نوشت مورد مخالفت روحانیانی مانند مرتضی مطهری و محمد بهشتی قرار گرفت.
علی دوانی در کتاب «خاطرات من از استاد شهید مطهری» در مورد نظر مطهری درباره حبیب‌الله آشوری و کتابش چنین می‌نویسد: «شهيد مطهری گفت: كتاب مزخرفی است، من آن را ديده‌ام. اين شيخ را من می‌شناسم، شيخ جسور و روداری است، مشهدی است. چند وقت پيش هم در مسجد قبا بعد از نماز آقای مفتح منبر می‌رفت. مثل اينكه دستی او را می‌گرداند و جسورتر می‌كند. آمده بود خانه ما كه نيم ساعت با شما كار دارم ولی بيش از یک ساعت ماند و حال مرا گرفت. با جسارت گفت تو نبايد در قلهک و بالای شهر باشی، بايد بروی ميدان شوش و پايين شهر و ميان مردم عادی. گفتم: آشيخ! اگر من با اين حجم كار كه دارم، بروم ميدان شوش ميان آن شلوغی ديوانه می‌شوم.»
خامنه‌ای معتقد بود آشوری محتوای کتاب «توحید» را از او سرقت کرده است
آشوری بر خود و نفس خود بسیار سخت می‌گرفت. آخوندی بود که نه لباس خوب می‌پوشید و نه غذای خوبی می‌خورد. حمید اسلامی، مدیر انشتارات غدیر، که کتاب توحید او را منتشر کرده بود در توصیف او می‌گوید: «شیخ بدبختی است، نه دنیا دارد و نه آخرت، خواهید دید تمام لباس تنش به پولی نمی‌ارزد. خورد و خوراکش بسیار عادی است؛ حتی فلان‌جا دعوت بوده، بدترین پرتقال‌ها را خورده و به آن‌ها که پرتقال درشت و پرآب خورده‌اند، اعتراض کرده که اسراف می‌کنید و رفاه‌طلب هستید.»
آشوری در یازدهم آبان‌ماه ۱۳۵۹ در محوطه مجلس شورای اسلامی دستگیر شد و اسدالله لاجوردی او را بر اساس فتوای خزعلی و مصباح اعدام کرد. خبر اعدام آشوری دوشنبه ۳۰ شهریور ۱۳۶۰ در روزنامه جمهوری اسلامی منتشر شد.
اسدالله لاجوردی او را بر اساس فتوای خزعلی و مصباح اعدام کرد
مهدی خزعلی، فرزند آیت‌الله خزعلی، درباره حکم تکفیری که پدرش برای آشوری صادر کرد، چنین می‌گوید: «کتاب توحید آشوری در قطع جیبی و با کیفیتی بسیار نازل منتشر شد، همان روزها پدر آن را مطالعه و ۱۳ اشکال از آن گرفتند، به استناد آن اشکالات، نویسنده کتاب را مرتد می‌دانستند. آشوری برای دفاع از خود به محضر حضرت آیت‌الله خزعلی می‌رسد، با شور و هیجان از عقاید خود دفاع می‌کند، حاصل آن جلسه این است که پس از خروج او از منزل، پدر می‌فرمایند: “استکان چای او را آب بکشید، او مرتد و نجس است!”»
نکته جالب این ماجرا این است که اختلاف خامنه‌ای و آشوری در پیش از انقلاب بر سر این بود که خامنه‌ای معتقد بود آشوری محتوای این کتاب را از او سرقت کرده است. دوستان مشترک خامنه‌ای و آشوری تلاش داشتند که بین این دو دوست آشتی برقرار کنند اما خامنه‌ای نپذیرفت.
احمد قابل، روحانی دین‌پژوه، در نامه‌ای که در سال ۱۳۸۴ به علی خامنه‌ای می‌نویسد، این ماجرا را به یاد او می‌آورد و خامنه‌ای را بابت این‌که جلوی اعدام آشوری را نگرفته است، شماتت می‌کند.
احمد قابل در نامه‌ای علی خامنه‌ای را بابت عدم تلاش برای جلوگیری از اعدام آشوری شماتت کرد
قابل می‌نویسد: «وجدان شما بهتر از هر کسی گواهی می‌دهد که در جلسات متعدد و تلاش‌‌های مکرر و نا‌موفق دوستان مشهدی و خراسانی برای آشتی‌دادن شما با مرحوم آشوری (پیش از پیروزی انقلاب)، سخن اصلی شما این بود که “مطالب کتاب توحید، از من است که این آقا به نام خودش چاپ کرده است”. شگفت‌انگیز نیست که از دو نفر با یک دیدگاه، یکی اعدام شود و دیگری تکریم؟!! یکی شایسته “گور” باشد و دیگری شایسته “رهبری نظام اسلامی”؟»
قربانی چیزی شد که خودش به آن «جنگ عمامه» می‌گفت
آشوری نه عضو مجاهدین خلق بود و نه از گروه فرقان. او به اتهام ارتداد اعدام شد.
حبیب آشوری قربانی چیزی شد که خود به آن «جنگ عمامه» می‌گفت. جنگ عمامه در جمهوری اسلامی روحانیان بسیاری را حذف کرد. حبیب‌الله آشوری یکی از آن‌ها بود. او متولد ۱۳۱۵ در گناباد بود.