در اردیبهشت ۱۳۹۸، جمعی از دانشجویان و نمایندگان تشکلهای دانشجویی، با خامنه‌ای دیداری داشتند. دیداری که در آن رهبر جمهوری‌اسلامی برخی مواضع خود را صراحتا بیان کرد. او از جمله باز مدعی شد که از برجام راضی نبوده است و مجبور به تایید آن شد.
اما جدای از مواضع خامنه‌ای درباره برجام و یا دیگر موضوعات روز سیاسی، آنچه در بخشی از سخنرانی او، مهم بود اما کمتر کسی به آن پرداخت، سخنان او درباره سفارت‌نوردی نیروهای جمهوری‌اسلامی و هواداران آن بود. سخنانی که نشان می‌داد خامنه‌ای چه درک غیرمتمدنانه‌ای از مناسبات دنیای مدرن دارد.
او در سخنان خود در این حوزه گفته بود: « گاهی اوقات یک تجمّعی مثلاً جلوی سفارتخانه خوب است؛ البتّه با متانت، با دقّت، با عقلانیّت و با نشان دادن اقتدار روحی و معنوی. این جور نیست که همیشه از دیوار بالا رفتن خوب باشد -یک جاهایی البتّه خوب است؛ در قضیّه‌ی تسخیر لانه‌ی جاسوسی، کار خوبی بود امّا همیشه این جور نیست- لکن حضور شما، خواسته‌ی شما، حرف منطقی شما، نشان دادن اقتدار شما، نشان دادن اجتماع شما تاثیرگذار است. ممکن است شما تأثیرش را فوری به چشم نبینید امّا بدانید که اینها اثر گذاشته. خب این [حضور] بنابراین جزو مواردی است که من تأکید میکنم، تأیید میکنم و مایلم که این استمرار پیدا کند».
در اینجا خامنه‌ای صراحتا اشغال سفارت ایالات‌متحده در سال ۱۳۵۸ – که از طرف آیت‌الله خمینی به انقلاب دوم تعبیر شد – را مثبت ارزیابی می‌کند و جمع‌شدن هواداران جمهوری‌اسلامی در مقابل سفارت‌های کشورهای رقیب را «خوب و تاثیرگذار» می‌داند. او حتی بالا رفتن از دیوار سفارت‌ها را کاملا نقد نمی‌کند و تنها به ذکر این نکته بسنده می‌کند که این مسئله «همیشه» خوب نیست! احتمالا منظور خامنه‌ای این است که هر کجا فرصت بازی برای این جنس اقدامات فراهم بود، اقدامی خوب است!
پیش از آن و در آذر ۱۳۹۰ نیز جمعی از «دانشجویان بسیجی» به سفارت انگلستان در تهران حمله کردند و حتی برای چندین ساعت آن را به اشغال خود درآوردند. پس از این حادثه بود که انگلستان روابط خود با جمهوری‌اسلامی را قطع کرد و با مخالفتی جهانی که با این اتفاق صورت گرفت، عملا هزینه‌ای بسیار سنگین روی دست جمهوری‌اسلامی ماند. اما خامنه‌ای در دیداری که با دانشجویان در تابستان ۹۱ داشت، «احساسات جوانان» را درست دانست و گفت: «در قضیه اخیر اشغال آن سفارت خبیث احساسات جوانان درست بود ولی رفتن‌شان [به داخل سفارتخانه] درست نبود. من اجتماعات دانشجویی را تایید میکنم، اما با تندروی در این اجتماعات مخالفم».
تصویری از اشغال سفارت انگلستان در تهران در سال ۱۳۹۰
از جمله دیگر اتفاقاتی از این دست که به شدت به حیثیت ایران در منطقه لطمه زد و موجب حملات سنگین به جمهوری اسلامی نیز شد، اشغال سفارت عربستان سعودی در سال ۱۳۹۴ بود. پس از اعدام شیخ نمر، روحانی شیعه عربستانی و مورد حمایت جمهوری‌اسلامی، ساختمان سفارت عربستان سعودی در تهران به آتش کشیده شد و در مشهد نیز به کنسولگری عربستان در این شهر حمله شد. در پی این اتفاق بود که عربستان کلیه روابط خود با جمهوری‌اسلامی را قطع کرد و پس از آن بسیاری از کشورهای عربی نیز یا روابط خود با ایران را قطع کردند یا سطح روابط را به شدت کاهش دادند. این اتفاق از سوی بسیاری از مقامات و شخصیت‌های جمهوری‌اسلامی محکوم شد.
اما نکته جالب‌توجه در این میان موضع علی خامنه‌ای بود. او در عین اینکه این اتفاق را محکوم کرد اما از کسانی که به بهانه این مسئله، اشغالگران سفارت را مورد حمله قرار دهند انتقاد کرد و گفت: « سفارت عربستان که هیچ، در سفارت انگلیس هم که چند سال پیش، آن اتّفاق افتاد، بنده بدم آمد؛ اصلاً هیچ قابل قبول نیست این‌جور عملیّات؛ این عملیّات عملیّات بسیار بدی است، به ضرر کشور و به ضرر اسلام و به ضرر همه است؛ این را بهانه قرار ندهند برای اینکه جوانهای انقلابی ما را مورد تهاجم قرار بدهند».
شاید بتوان این جمع‌بندی «اکبر گنجی» – روزنامه‌نگار – از نوع نگاه خامنه‌ای به مسئله سفارت‌نوردی را جمع‌بندی کامل و جامعی دانست. او درباره این مسئله نوشته بود: «خامنه ای به طور رسمی مخالف حمله به سفارتخانه هاست، اما همیشه از نیروهایی که بخشی از آنان دست به این اقدامات زده و می زنند، حمایت بی نظیری به عمل آورده است».