در خرداد ۱۳۹۸ بود که وقتی برای دیدار با خانواده خود از شیراز به زادگاه خود کرمان رفت، توسط سرکوبگران اطلاعات سپاه بازداشت شد و به زندان عادل‌آباد شیراز منتقل شد. دو ماه بعد با قید وثیقه آزاد شد.
طبق آنچه خبرگزاری حقوق‌بشری هرانا گزارش داد، اتهامات شهین خاکپور که از سوی شعبه اول «دادگاه» انقلاب کرمان توسط یک «قاضی» به نام «احمد قربانی» ابلاغ شد، «اقدام علیه امنیت ملی از طریق تشکیل و اداره گروه‌های مخالف نظام»، «عضویت در گروه‌های مخالف نظام» و «توهین به خمینی و رهبری» بود. این «قاضی» با لیست‌کردن این اتهامات سنگین امنیتی، برای شهین خاکپور، حکم بسیار سنگین صادر کرد؛ ۱۸ سال حبس!
مصادیق این اتهامات، «مطالب نوشته‌شده توسط آن‌ها در فضای مجازی» و «گزارش سازمان اطلاعات سپاه استان کرمان» بود که چنین حکم سنگینی برای شهین خاکپور در پی آورد.
در شهریور ۱۳۹۹ «دادگاه» تجدیدنظر در کرمان، عینا این حکم را تایید کرد. بر اساس اعمال ماده ۱۳۴ و قانون تجمیع مجازات شهین خاکپور بایستی ۱۰ سال حبس می‌کشید.
دستگاه سرکوب در سیاسی‌کردن پرونده شهین خاکپور و مسیر قضایی این پرونده کم نگذاشت و حتی به گفته صریح رسانه‌ها: «دادگاه بدون حضور وکلا برگزار شد و گفته شده است ندا نعمت‌الله‌زاده، وکیل متهمان، به دلیل فشارها و موانع این پرونده و تهدید به دست اطلاعات سپاه کرمان از این پرونده انصراف داده است».
شهین خاکپور در مهر ۱۳۹۹ برای اجرای این حکم سنگین به زندان کرمان منتقل شد.
اگرچه به یک جنبه از نقض حقوق بدیهی متهم در جریان «دادگاه» این متهم اشاره شد ولی در این‌جا با استفاده از گفته‌های کارشناس حقوقی «دادبان» می‌توان نکته‌ای را نیز درباره اتهام «توهین به خمینی و رهبری» بازگو کرد که بیشتر جنبه ناعادلانه حکم شهین خاکپور را نشان می‌دهد.
در این زمینه کارشناس حقوقی مرکز مشاوره حقوقی دادبان به صراحت محتوای انتقادآمیز و تند علیه خامنه‌ای را در چارچوب قوانین جمهوری اسلامی نیز جرم ندانسته و می‌گوید: «تا کنون تعداد قابل توجهی از فعالان به اتهام توهین به رهبری و آقای خمینی دستگیر و محاکمه شده‌اند. بیشتر این افراد به دلیل انتشار مطالبی در فضای مجازی با این اتهام مواجه شده‌اند. باید توجه شود که محتوای انتقادآمیز و تند علیه رهبر توهین محسوب نمی‌شود. منظور قانون‌گذار از توهین همان فحش و ناسزا است. بنابراین به‌کار‌بردن الفاظی همچون مستبد، بی‌کفایت و امثال آن توهین محسوب نمی‌شود. همچنین درج کاریکاتورهای معمولی از این اشخاص نیز اصولا توهین نیست. ضمنا برای تحقق توهین باید قصد مجرمانه هم وجود داشته باشد. یعنی شخص با آگاهی از توهین‌آمیز‌بودن مطلبی که گفته است، آن را به کار برده باشد. به هر حال اگر عنوان شده که توهین در فضای مجازی بوده، بهتر است اظهار بی‌اطلاعی و انکار شود حتی اگر در حساب شخصی فرد درج شده باشد.»