در این کتاب، روح الله خمینی بیان نموده است که امام دوازدهم مسؤولیت حفظ امت را به مجتهدان واگذار کرده است؛ هر چند مجتهدان باید خود را از دولت دور نگه دارند و آن را چون شر لازم قلمداد و تحمل نمایند. خمینی در کشف الاسرار اقتدار سیاسی عالی برای علما در نظر می گیرد، اما تنها هنگامی می بایست آن را به کار بندند که حکومت آشکارا به حریم شریعت تجاوز می کند.