بی‌نظیر بوتو در۲۱ ژوئن سال ۱۹۵۳، در خانواده‌ای ثروتمند، مشهور و با پیشینه سیاسی به دنیا آمد. مادرش اصالتی ایرانی و کرد داشت و پدر او، ذوالفقار‌علی بوتو، کسی بود که حزب مردم پاکستان را پایه‌گذاری کرده و بعد‌ها رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر این کشور در سال‌های۱۹۷۱ تا ۱۹۷۷ شده بود. ذوالفقار بوتو کسی بود که از طریق انتخابات آزاد وارد حوزه سیاست در پاکستان شده بود. بی‌نظیر راه پدر را دنبال کرد و نخستین زنی شد که در کشوری مسلمان به سمت نخست‌وزیری می‌رسید آن هم در کشوری که با بنیادگرایی دست و پنجه نرم می‌کند.
بی‌نظیر زمانی که ۱۶ ساله بود برای تحصیل در کالج رادکلیف هاروارد به امریکا مهاجرت کرد. پس از اتمام تحصیلاتش در مقطع لیسانس، برای ادامه تحصیل در رشته حقوق وارد دانشگاه آکسفورد انگلستان شد. پس از سال‌ها تحصیل در خارج از پاکستان زمانی که پدرش نخست‌وزیر بود به پاکستان بازگشت، چند روز پس از ورودش به پاکستان، ارتش قدرت را به دست گرفت و حکومت را به تصرف خود درآورد و پدر او را زندانی کرد. پدرش در سال ۱۹۷۹ توسط رژیم نظامی ژنرال ضیاءالحق به دار آویخته شد. بی‌نظیر پس از کشته‌شدن پدرش، رهبر حزب مردم پاکستان شد.
پس از مقطع لیسانس، برای ادامه تحصیل در رشته حقوق وارد دانشگاه آکسفورد انگلستان شد
بی‌نظیر دشمن شجاعی بود برای ضیاالحق و از مواضع خود عقب‌نشینی نمی‌کرد. همین باعث شد که نیروهای نظامی از سال ۱۹۷۷ تا ۱۹۸۵ چندین بار او را دستگیر کنند. در سال ۱۹۸۵به دلیل حضور و شرکت در گردهمایی ضد حکومتی دوباره دستگیر شد. بوتو پس از آزادی از بازداشت به اجبار رهسپار انگلستان شد. اما هنگامی که در آوریل ۱۹۸۶ تظاهرات ضد ضیا از سر گرفته شد به پاکستان مراجعت کرد.
وی طی دو دوره از سال‌های ۱۹۸۸ تا ۱۹۹۰ و ۱۹۹۳ تا ۱۹۹۶ نخست‌وزیر پاکستان از حزب مردم بود. مرگ ضیا در سانحه هواپیمایی در سال ۱۹۸۸ به کاهش خشونت‌های نظامی در سراسر کشور انجامید، به‌طوری که بوتو در دسامبر همان سال طی انتخابات آزاد مردمی نخست وزیر شد ولی در سال ۱۹۹۰ تنها دو سال پس از دوره نخست‌وزیری‌اش، رئیس‌جمهور غلام اسحاق‌خان، بوتو را از مقامش اخراج کرد.
بی‌نظیر با استفاده از تبلیغات ضد اختلاس در سال ۱۹۹۳ توانست دوباره نخست‌وزیر شود. او سودای مدرنیزه‌کردن پاکستان را داشت. طی این سال‌ها برق را به جاهای دور افتاده و حومه شهرهای پاکستان کشید. مبارزه با فقر و گرسنگی، تهیه خانه و سرپناه و بهداشت عمومی از اولویت‌هایش بود. در همین زمان، بوتو با مخالفت‌های مداوم از سوی جنبش بنیادگرایان اسلامی روبه رو شد. «فاروق لغاری»، رئیس‌جمهور وقت پاکستان در سال ۱۹۹۶ بوتو را برکنار و مجمع ملی را منحل کرد. این بار آصف‌علی زارداری، همسر و وزیر دارایی بی‌نظیر، به دریافت رشوه در امضای قراردادهای دولتی متهم شده بود.
او و نواز شریف در سال ۲۰۰۶ ائتلافی برای اعاده دموکراسی تشکیل دادند
بوتو در انتخابات ۱۹۹۷ نیز شرکت کرد اما برخلاف دو انتخابات قبلی به شدت شکست خورد و نواز شریف جای او بر مسند نخست‌وزیری نشست. در سپتامبر همان سال دولت نواز شریف چهار حساب بانکی متعلق به خانواده بوتو را مسدود کرد. دولت نواز شریف توسط ارتش سرنگون شد. در سال ۱۹۹۹ بی‌نظیر همراه با شوهرش به اتهام فساد اقتصادی به پنج سال زندان و پرداخت هشت میلیون و ۶۰۰ هزار دلار جریمه محکوم و زندانی شد. بی‌نظیر مجبور شد به همراه فرزندانش یک بار دیگر عازم تبعیدی خود خواسته برای ۹ سال در لندن شود. بعدا یک دادگاه عالی این کشور حکم یاد شده را ملغی کرد.
در سال ۲۰۰۶ بی‌نظیر بوتو و نواز شریف ائتلافی برای اعاده دموکراسی در این کشور تشکیل دادند ولی این دو رقیب بر سر استراتژی چگونگی برخورد با پرویز مشرف، حاکم نظامی پاکستان توافق نداشتند. در حالی که بوتو معتقد بود بهتر است با آقای مشرف مذاکره کند اما نواز شریف مخالف توافق با حاکم نظامی پاکستان بود. بی‌نظیر در اکتبر ۲۰۰۷ با تعهد عدم تعقیبش به دلیل اتهامات گذشته و علی‌رغم تمامی تهدیدات به مرگ از سوی بنیادگرایان به وطن بازگشت و استقبال پرشور طرفدارانش خاطره بازگشت او در سال ۱۹۸۶ را زنده کرد.
زمانی که وی در مسیر فرودگاه تا منزلش در حال عبور از خیابان‌های کراچی بود یک انفجار انتحاری سبب شد تا خودروی حامل وی مورد حمله قرار گیرد و بیش از ۱۳۰ نفر از هواداران و تیم حفاظتی او کشته و ۳۲۰ نفر هم زخمی شوند.
بی‌نظیر بوتو ساعاتی بعد از این انفجار در گفتوگو با هفته‌نامه فرانسوی پاری مچ، هواداران مشرف را متهم به همکاری با بنیادگرایان کرد. بوتو اعلام کرد که افراطیون مسلمان نمی‌توانند بدون پشتیبانی، از غار‌هایشان در کوه‌ها بیرون بیایند و عملیات انجام دهند. او در ۹ نوامبر ۲۰۰۷ به مدت ۳۰ روز در بازداشت خانگی قرار گرفت اما در پی در‌خواست جورج بوش رئیس‌جمهور آمریکا این بازداشت لغو شد.
من از آن رهبرانی نیستم که با فریب و دروغ‌گویی زمان را می‌خرند
در ۲۶ دسامبر ۲۰۰۷ وی در مبارزات خود برای انتخابات پارلمانی ماه ژانویه پاکستان قول داد تا برای احقاق حقوق کارگران تلاش کند اما این قول هرگز عملی نشد چون تنها یک روز بعد، در شهر راولپندی در استان پنجاب شلیک گلوله به سر و سینه بی‌نظیر سبب شد تا این زن برجسته پاکستانی به قتل برسد. شلیک‌کننده سپس با انفجار انتحاری خود باعث کشته‌شدن پانزده نفر دیگر شد. بسیاری از رهبران جهان این عمل تروریستی را محکوم کردند. جرج بوش در این رابطه گفت: «ایالات متحده به شدت این حرکت بزدلانه تندروهای آدم‌کش که سعی بر تضعیف دموکراسی پاکستان دارند را محکوم می‌کند. کسانی که این جنایت را مرتکب شده‌اند باید محاکمه شوند.» مردم بعد از این ترور دست به شورش‌های فراوانی در سرتاسر پاکستان زدند و در پی مرگ او سه روز عزای عمومی در پاکستان اعلام شد.
بی‌نظیر در مصاحبه با تایم عنوان کرده بود: «من از آن رهبرانی نیستم که با فریب و دروغ‌گویی زمان را می‌خرند. هیچ رهبر و هیچ دیکتاتوری نمی‌تواند آن‌چه را که من انجام داده‌ام، انجام دهد.»
او در ایالت سند پاکستان در روستای گرهی خدابخش، در کنار پدر و برادرش به خاک سپرده شد.