یهودی‌ستیزی از پایه‌های بنیادین جمهوری اسلامی است. ریشه‌های آن هم به آغاز فعالیت روح‌الله خمینی علیه دولت پهلوی باز می‌گردد. خمینی در بهار ۱۳۴۲ از «خطر یهود» می‌گوید.
او در قالب حمله به حکومت شاه به علت همکاری با دولت اسراییل چنین می‌گوید: «حالا که خطر بر اسلام وارد شده و آن خطر یهود است… آقا ما نمی‌خواهیم که یهود بر مقدرات مملکت ما حکومت کند، ما نمی‌خواهیم که مملکت ما با مملکت یهود هم پیمان بشود.» یهودی‌ستیزی در جمهوری اسلامی صرفا در خمینی خلاصه نمی‌شود. برجسته‌ترین و تحسین‌شده‌ترین چهره‌های ایدئولوگ در جمهوری اسلامی نیز در نفرت‌پراکنی نسبت یهودیان پیشینه دارند.
از جمله می‌توان از «مرتضی مطهری» نام برد که جمهوری اسلامی از او به عنوان «معلم شهید» یاد می‌کند. خمینی نیز مرتضی مطهری را «پاره تن» و «حاصل عمر» خود دانسته بود. مطهری در یک سخنرانی یهودی‌ستیزانه در سال ۱۳۴۸ گفته بود: «والله و بالله قسم میخورم که پیغمبر اکرم در قبر مقدسش امروز از یهود میلرزد.» او در این سخنرانی مشخصا به نفرت‌پراکنی علیه یهودیان ایران نیز پرداخت و از آنان به عنوان کسانی نام برد که به ارتش اسراییل برای کشتار مسلمانان یاری می‌رسانند.
طبیعی است که این روند یهودی‌ستیزانه در جمهوری اسلامی همچنان ادامه داشته باشد. خامنه‌ای – رهبر کنونی جمهوری اسلامی – چندین بار به تخفیف و انکار هولوکاست پرداخته است. از جمله یک بار در یک سخنرانی در سال ۱۳۹۰، هولوکاست را «افسانه» خواند.
در واقع آنچه موجب می‌شود جمهوری اسلامی به ستیزی تمام‌عیار با دولت اسراییل کشیده شود، بیش از آن‌که دفاع از گروه‌های فلسطینی باشد، یهودی‌ستیزی جمهوری اسلامی است.