کشتار تابستان ۶۷ را می‌توان مخوف‌ترین کشتار سیاسی – حکومتی تاریخ معاصر ایران دانست. تفتیش عقاید از زندانیان سیاسی مجاهد خلق و چپگرا و اعدام چندهزارتن از آنان در عرض تقریبا ۲ ماه و به صورت مخفیانه و دور از خبررسانی رسانه‌ای، به جرئت در تاریخ معاصر ایران سابقه نداشته است. این اعدام‌ها با دستور مستقیم آیت‌الله خمینی و در مرداد و شهریور ۶۷ انجام گرفت. خمینی هیئت‌هایی را مسئول محاکمه مجدد زندانیان سیاسی کرد که «حسینعلی نیری»، «مرتضی اشراقی»، و «مصطفی پورمحمدی» – در مقام نماینده وزارت اطلاعات – از اعضای اصلی هیئت تهران بودند. در بخشی از حکم اصلی خمینی آمده است: «از آنجا که منافقین خائن به هیچ وجه به اسلام معتقد نبوده و هر چه می‌گویند از روی حیله و نفاق آنهاست… کسانی که در زندان‌های سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می‌کنند، محارب و محکوم به اعدام می‌باشند».
البته همانطور که در حکم اصلی خمینی آمده است، در استان‌ها و باقی نقاط کشور نیز هیئت‌های دیگری برای محاکمه زندانیان فعال شده بودند. اما این هیئت اصلی منصوب خمینی در تهران بود که مسئولیت تفتیش عقاید زندانیان و صدور حکم اعدام برای آنان در زندان‌های اوین و گوهردشت برعهده داشت که محل اصلی تجمیع زندانیان سیاسی منسوب به سازمان مجاهدین خلق و گروه‌های چپگرا نیز محسوب می‌شد.
این حکم چنان سنگین بود که حتی بعضی از نزدیکان و منصوبان آیت‌الله خمینی نیز به پرسش و تردید می‌افتند. از جمله بحث درباره محکومانی درگرفت که دوره محکومیت خود را طی می‌کردند و حتی بعضی از آنان، در آستانه اتمام دوره حبس خود بودند. نقل است که مسئولان مربوطه از آیت الله خمینی می‌پرسند که: «آیا این حکم مربوط به مربوط به کسانی است که محکوم به اعدام هستند یا زندانیانی که محکوم به حبس شده‌اند ولی بر سر موضع هستند؟» که آیت الله خمینی در پاسخ دستور «نابودی دشمنان اسلام» را می‌دهد و می‌گوید: «در تمام موارد فوق هر کس در هر مرحله اگر بر سر نفاق باشد حکمش اعدام است سریعا دشمنان اسلام را نابود کنید. در مورد رسیدگی به وضع پرونده‌ها در هر صورت که حکم سریعتر اجرا گردد همان مورد نظر است».
«مهدی اصلانی» که خود از زندانیان جان به دربرده در تابستان ۶۷ است درباره آن روزها و اعدام زندانیان در اوین و گوهردشت می‌گوید: «همیشه مرکز زندانیان و کشتار‌ها اوین بود ولی در سال ۶۷ زندان گوهردشت مرکز کشتار بود و علتش هم ترکیب نیروهایی است که آنجا نگاه داشته می‌شدند، چون عمده زندانیانی که از مجاهدین خلق بودند در زندان گوهردشت به سر می‌بردند. برخوردی که با مجاهدین خلق می‌شد متفاوت با برخوردی بود که با چپی‌ها صورت می‌گرفت، در آن کنکور مرگ، مجاهدین خلق مورد پرسشی قرار می‌گرفتند که راه فرار تقریباً برایشان باقی نمی‌ماند. یعنی در مورد مجاهدین خلق، موضوع محاربه (شمشیر کشیدن به روی حکومت اسلامی) مطرح بود و در مورد ما چپی‌ها، ارتداد (روی برگرداندن از دین اسلام).»
تفتیش عقاید شخصی و مذهبی زندانیان قبل از صدور حکم اعدام
«یرواند آبراهامیان» در مقاله نسبتا بلندی که درباره کشتار ۶۷ نوشته است، سعی می‌کند روایتی دقیق و سرراست از آنچه اتفاق افتاده است، ارائه کند. او در بخشی از مقاله مستند خود به بحث پیرامون «تفتیش عقاید» هیئت ویژه از زندانیان می‌پردازد. این هیئت از زندانیان بنا به گرایش سیاسیشان سوالاتی می‌پرسید و آنگاه پس از پاسخ زندانی تشخیص می‌داد که زندانی باید اعدام شود یا خیر. مرداد ماه اعدام زندانیان مجاهدخلق بود. آبراهامیان درباره پرسش و پاسخ هیئت ویژه – با صحنه گردانی «حسینعلی نیری» – با زندانیان مجاهدخلق اینگونه می‌نویسد: «ابتدا از هر یک از مجاهدین گرایش سیاسیشان سوال می‌شود و اگر کسی می‌گفت «مجاهدین» در جا به اعدام محکوم می‌شد (زیرا جمهوری اسلامی مجاهدین را با نام منافقین می‌شناسد و نفس ذکر نام مجاهدین به معنی موافقت با آنان و «پافشاری بر نفاق» گرفته شده است). کسانی که پاسخ داده بودند «منافقین» با سوال‌های دیگری روبرو می‌شدند. «آیا حاضرید در مصاحبه تلویزیونی منافقین را محکوم کنید؟»، «آیا حاضرید طناب دار را به گردن یک عضو فعال منافقین بیندازید؟»، «آیا حاضرید می‌دان‌های مین‌گذاری شده را برای ارتش اسلام پاکسازی کنید؟» و پاسخ منفی به هریک از این سؤالات به معنی محکومیت به اعدام بود.»
پس از روشن‌شدن تکلیف زندانیان مجاهد و در ماه شهریور، هیئت ویژه سراغ زندانیان چپ گرا رفتند. پرسش‌هایی که از زندانیان چپ گرا می‌شد با پرسش‌هایی که از مجاهدین می‌شد، تفاوت‌هایی داشت و بیشتر حول اعتقاد شخصیِ مذهبی آنان می‌چرخید. پرسش‌هایی از این قبیل که: «آیا شما مسلمانید؟»، «آیا به خدا اعتقاد دارید؟»، «آیا به بهشت و جهنم معتقد هستید؟»، «آیا محمد را به عنوان خاتم انبیا قبول دارید؟»، «آیا در ماه رمضان روزه می‌گیرید؟»، «آیا قرآن می‌خوانید؟»، «آیا هر روز نماز می‌خوانید؟»، «آیا ترجیح می‌دهید با یک مسلمان هم‌بند شوید یا یک غیرمسلمان؟» و پرسش‌هایی از این قبیل که بنا به ادعای آبراهامیان، تنها یک پاسخ غلط به این پرسش‌ها می‌توانست اعدام فرد زندانی را در بر داشته باشد.
تعداد کشته‌شدگان کشتار ۶۷ و نقش افشاگرانه آیت‌الله منتظری
اگرچه «عصر نو» اسامی ۴۴۸۴ زندانی اعدامی در کشتار ۶۷ را روی سایت خود قرار داده است، اما گزارشگر ویژه حقوق بشر سازمان ملل متحد تعداد اعدام‌شدگان را ۱۸۷۹ نفر برآورد کرد. این در کنار تخمین آیت‌الله منتظری ست که در کتاب خاطرات خود، رقم اعدامیان تابستان ۶۷ را ۲۸۰۰ یا ۳۸۰۰ نفر اعلام کرد. آیت‌الله منتظری در کنار افشاگری پیرامون تعداد کشته‌شدگان در کتاب خاطرات خود، در همان مقطع اعدام‌ها نیز به اعتراض پیرامون این مسئله پرداخت و شخصا سعی در جلوگیری از این کشتار کرد، گرچه موفقیت چندانی کسب نکرد. او دو نامه به خمینی نوشت که هیچ پاسخی نگرفت و یک نامه نیز خطاب به هیئت سه‌نفره – یعنی نیری، اشراقی و پورمحمدی ـ به نگارش در آورد. “ایرج مصداقی” – پژوهشگر و زندانی سابق سیاسی – درباره نقش افشاگرانه آیت‌الله منتظری پیرامون این کشتار و حواشی آن می‌گوید: «آیت‌الله منتظری… عزیز مردم شد چرا که چیزی را از مردم پنهان نکرد. او سند جنایت خمینی را برملا کرد. او دست‌خط خمینی را که بیرحمانه‌ترین فرمان کشتار در تاریخ شیعه است انتشار داد. او نامه‌نگاری بین احمد خمینی و موسوی‌اردبیلی را افشا کرد. او با انتشار این اسناد پرده از چهرهه کریه خمینی برگرفت. او بود که برای اولین بار آمار قتل‌عام‌شدگان ۶۷ را اعلام داشت وگرنه خامنه‌ای و رفسنجانی و موسوی اردبیلی و خاتمی و… که منکر قتل‌عام و کشتار بودند. آیت‌الله منتظری بدون توجیه کاری‌های معمول نام مصطفی پورمحمدی را برملا کرد وگرنه تا آن روز ما هیچ‌کدام وی را که مسئولیت مستقیم در کشتار و شکنجهٔ زندانیان سیاسی داشت به اسم نمی‌شناختیم. صداقت فرد در همین‌جا روشن می‌شود.»
موضع مسئولان وقت؛ آیت‌الله خامنه‌ای و میرحسین موسوی
علی خامنه‌ای که در مقطع اعدام‌های دسته‌جمعی، رییس جمهوری اسلامی بود، در آذرماه ۶۷ و در پاسخ به پرسشی درباره اعدام‌ها، این مسئله را به عملیات «فروغ جاویدان» (مرصاد) ربط داد. او تلویحا اعدام زندانیان مجاهد را به دلیل همکاری آنان با سازمان مجاهدین خلق در عملیات فروغ جاویدان (مرصاد) دانست. ادعایی که البته اثبات آن بسیار دشوار است که یک زندانی چگونه می‌تواند با بیرون از زندان و علیه حکومت، آن اندازه فعالیت داشته باشد که مستوجب اعدام نیز باشد. در هرحال خامنه‌ای در توضیح بیشتر ادعای خودش می‌گوید: «مگر ما مجازات اعدام را لغو کردیم؟ نه! ما در جمهوری اسلامی مجازات اعدام را داریم برای کسانی که مستحق اعدام‌اند… این آدمی که توی زندان، از داخل زندان با حرکات منافقین که حمله مسلحانه کردند به داخل مرزهای جمهوری اسلامی ارتباط دارد، او را به نظر شما باید برایش نقل و نبات ببرند؟ اگر ارتباطش با آن دستگاه مشخص شده، باید چه کارش کرد؟ او محکوم به اعدام است و اعدامش هم می‌کنیم. با این مسئله شوخی که نمی‌کنیم.»
«میرحسین موسوی» نیز که در سال ۶۷ نخست وزیر کشور بود، بعد‌ها و در سیزده مرداد ۱۳۸۹ و زمانی که خود به مخالفت با آیت‌الله خامنه‌ای بر خاسته بود، در ارتباط با کشتار تابستان ۶۷ کاملا منکر نقش و اطلاع خود از ماجرا شد. او حتی به این نکته اشاره می‌کند که شخص وزیر اطلاعات در هیئت دولت نیز او را در جریان امر قرار نداد. موسوی در توضیحی بیشتر گفت: «بنده به هیچ وجه نه نقشی داشتم نه اطلاعی، حتی با اینکه یکی از اعضای هیات سه نفره منصوب به نماینده وزارت اطلاعات بود و قاعدتا وزیر اطلاعات می‌بایست من و دولت را در جریان می‌گذاشت، آقای ری‌شهری حتی کلمه‌ای را هم راجع به این موضوع نگفت، نه در هیات دولت، نه به طور خصوصی به شخص بنده، ما در بی‌اطلاعی محض بودیم و وقتی هم خبر دار شدیم، سعی در جلوگیری داشتیم. اینکه بنده نقش داشتم خلاف واقع است و اصلا به ما اجازه ورود به این موضوع را نمی‌دادند. با این حال این جنایتی است که رخ داد و واقعیت این است که هنوز هیچ کسی از ابعاد واقعی آن خبر ندارد و شاید در آینده بتوان بیشتر و جامع‌تر به این واقعه و ابعاد آن پرداخت.» میرحسین موسوی در جایی دیگر نیز به این مساله پرداخت که مساله سال ۶۷ را باید در منظر تاریخی خود بررسی کرد و به این نکته توجه کرد: «که آیا دولت در این زمینه اطلاعی داشته است؟ نقشی داشته است؟ آیا اصلا مکانی برای دخالت داشته است؟ آیا در احکام و اسناد نامی از دولت وجود داشته است؟ دولت که نقشی در این مساله نداشته است، خیلی از کسان دیگر هم اطلاع نداشته‌اند.»
توجیه مصطفی پورمحمدی درباره اعدام‌ها: «شرایط جنگی بود»!
پس لرزه‌های این کشتار تا به امروز ادامه دارد. اگرچه جمهوری اسلامی تاکنون و به صراحت مسئولیت این کشتار را نپذیرفته است، اما مسئولان رده بالای این نظام به صورت تلویحی و بیشتر در مقام پاسخ به پرسشی به آن اشاره می‌کنند. از جمله در هفته قبل «مصطفی پورمحمدی» – که در آن مقطع و به شهادت آیت‌الله منتظری، یکی از اعضای هیئت سه نفره اعدام بود – در یک کنفرانس خبری در معرض پاسخی درباره «حوادث سال ۶۷» قرار گرفت، در مقام پاسخ، اصل اعدام‌های گسترده سیاسی – عقیدتی را انکار نکرد اما به این نکته پرداخت که قضاوت درباره آن، باید با توجه به «شرایط جنگی» انجام شود. در واقع او «حوادث سال ۶۷» – یا همان اعدام‌های تابستان ۶۷- را از جنگ ایران و عراق جدا ندانست، و در توضیحی بیشتر گفت: «ما از ابتدای انقلاب و در طول سال‌های جنگ تحمیلی با ضدانقلاب و نیروهایی روبه‌رو بودیم که قصد سرنگونی انقلاب با هدف جدایی‌طلبی داشتند و از هیچ جنایتی هم فروگذاری نمی‌کردند. به‌هرحال اگر جدیت نیروهای انقلابی در آن زمان نبود نمی‌توانستیم مقابل ضدانقلاب گروهک‌ها و منافقین بایستیم. گفتم تا وقتی انسان در شرایط جنگ قرار نگیرد نمی‌تواند درخصوص حوادث آن سال‌ها به درستی قضاوت کند. باید واقعیت‌های جنگ را درک کنیم. در جنگ اگر بخواهید در کشیدن ماشه علیه دشمن تامل کنید و حرکتی انجام ندهید مسلما کشته خواهید شد.»
بخشش قبل از کشف حقیقت معنا ندارد
«رضا علیجانی» که خود از زندانیان دهه ۶۰ بوده است، کشتار ۶۷ را یک «هولوکاست ایرانی» می‌نامد. او به همین منظور از ضرورت «تشکیل یک وجدان جمعی معذب» می‌گوید تا بتوان از قِبل آن دادخواهی از این ظلم بی‌سابقه را پیش برد. او برخورد رمانتیک با کشتار ۶۷ و بخشش قبل از روشن شدن حقیقت را بی‌معنا می‌شمارد. او این نوع بخشش را «هندی‌کردن مسئله» می‌داند و در توضیح بیشتر می‌گوید: «ببینید اصلا قبل از روشن شدن حقیقت متهمی در میان نیست و حتی ممکن است جرم و جنایت انکار شود. بنابراین روشن شدن حقیقت مقدمهٔ طرح هر نحوهٔ برخورد با این واقعه است. به نظر من قبل از تحقق اهداف اصلی دادخواهی و قبل از کشف حقیقت اصولا بخشش بی‌معناست. این یک برخورد رمانتیک و به تعبیر سینماگران هندی کردن مساله است، بدون اینکه مساله‌ای اساسا روشن و حل شود یک آتشی را در زیر خاکس‌تر نگه می‌دارد و یک دمل چرکینی را حفظ می‌کند… به هر حال بخشش نیز به لحاظ تاریخی و به لحاظ مذهبی و به لحاظ سیاسی راه گشای حل بسیاری از مشکلات است. اما این آخرین نقطه‌ای است که باید به آن رسید یعنی آخرین سخن است نه سخن اول.»