در هر زندان، شورایی با عنوان «شورای انضباطی» تشکیل می‌شود که به تخلفات زندانیان رسیدگی کرده و تصمیم لازم را می‌گیرد. بر اساس ماده ۳۸ آئین‌نامه اجرایی سازمان زندان‌ها و اقدامات تأمینی و تربیتی کشور، تصمیم‌های شورای انضباطی قابل اجرا است. اعضای شورای انضباطی متشکل از مسئول واحدهای قضائی، بازپروری، حفاظت اطلاعات، رئیس اندرزگاه مربوطه و یک نفر مددکار است. شدت و ضعف تنبیه‌های انضباطی موضوعی است که در این آیین‌نامه به آن پرداخته شده است. به این ترتیب که حداقل تنبیه‌های انضباطی، محرومیت از مالقات به مدت حداکثر ۳ نوبت است. حداکثر تنبیه‌ها نیز محرومیت از پیشنهاد عفو و آزادی مشروط حداکثر تا ۶ ماه است طبق ماده ۴۱ آئین‌نامه اجرایی سازمان زندان‌ها و اقدامات تأمینی و تربیتی کشور، تنبیه‌های انضباطی در چهار دسته خلاصه می‌شود: – محرومیت از ملاقات، حداکثر ۳ نوبت؛ مگر ملاقات با وکیل یا مقامات مسئول. – محرومیت از مرخصی، تا ۳ ماه. – انتقال از مراکز حرفه‌آموزی و اشتغال، به زندانِ بسته یا نیمه‌باز. – و عدم پیشنهاد عفو و آزادی مشروط، حداکثر تا ۶ ماه.