آیا احکام شورای انضباطی خودبه‌خود قابل اجرا است؟ نه! بر اساس ماده ۴۱ آئین‌نامه اجرایی سازمان زندان ها و اقدامات تأمینی و تربیتی کشور، احکام شورای انضباطی در صورتی به اجرا در می‌آید که به تائید قاضی اجرا برسد. بنابراین احکام شورای انضباطی بدون تائید قاضی اجرا، قابلیت اجرا ندارد. آشنایی با این مقررات به زندانیان امکان می‌دهد تا در صورت مواجهه با چنین تنبیه‌هایی، حتماً نسخه‌ای از حکم شورای انضباطی در مورد تنبیهِ اتخاذشده را درخواست کنند و توجه داشته باشند که تائید قاضی اجرا در مورد تنبیه‌های اتخاذی کسب شده باشد. در غیر این صورت، چنانچه زندانی، بدون موافقت قاضی اجرا به تحمل کل تنبیه‌های اتخاذشده از طرف شورای انضباطی مجبور شود، می‌تواند از همه اعضای شورای انضباطی زندان به مراجع قضائی و انتظامی شکایت کند.
آیا احکام صادره از شورای انضباطی، قطعی و غیرقابل تعلیق است؟ نه! با توجه به ماده ۴۳ آئین‌نامه اجرایی سازمان زندان‌ها، شورای انضباطی می‌تواند با موافقت نظر اکثریت، بخشی یا کل حکم صادره را حداکثر به مدت ۶ ماه معلق کند. اگر در این مدت زندانی مرتکب تخلف یا جرمی نشود، تنبیه‌های مورد نظر اجرا نمی‌شود، اما چنانچه در این مدت زندانی مرتکب تخلف یا جرم دیگری شود، همه تنبیه‌ها در مورد او به اجرا در می‌آید. آیا شورای انضباطی به جرایمی که زندانیان در زندان مرتکب شوند هم رسیدگی می‌کند؟ طبق ماده ۴۴ آئین‌نامه اجرایی سازمان زندان‌ها، صلاحیت شورای انضباطی فقط در حدود تخلف‌هایی است که زندانی در زندان مرتکب می‌شود. رفتارهایی که «تخلف» محسوب می‌شوند، لزوماً «جرم» نیستند. مثل: به‌همزدن نظم زندان. اما اگر زندانی در داخل زندان مرتکب عملی شود که جرم است و در قانون برای آن مجازات تعیین شده است، رسیدگی به جرم زندانی در زندان، در صلاحیت شورای انضباطی نیست.
در این موارد شورای انضباطی موضوع را به دادستان یا رئیس حوزه قضائی گزارش می‌کند تا در یک مرجع قضائی صلاح به این قضیه رسیدگی شود. مثل: نگهداری مواد مخدر، سرقت، یا ضرب و جرح و از این قبیل رفتارهای مجرمانه.