تفکیک و طبقهبندی زندانیان بر اساس سابقه، سن، جنسیت، تابعیت، نوع جرم، مدت مجازات، وضع جسمانی و روانی، چگونـگی شخصیـت و استعـداد، و میزان تحصیلات و تخصـص محکوم انجام میشود.
با توجه به همین موارد، محکوم به یکی از قسمتهای مراکز حرفهآموزی و اشتغال زندان یا مؤسسههای امنیتی و تربیتی – که متناسب با وضعیت اوست – معرفی میشود.
بر اساس مقررات مربوط به تفکیک و طبقهبندی، زندانیان مالی، قتل و جنایت، سرقت، و زندانیان عقیدتی و سیاسی، باید از هم تفکیک شوند و هر کدام در بند ویژه خود نگهداری شوند. همچنین زندانیان جوان نباید با زندانیان میانسال در یک محل باشند. زندانیانی که برای اولین بار محکوم شدهاند هم نباید با زندانیان سابقهدار در یک جا نگهداری شوند. برای این منظور قانونگذار مقرر کرده که در صورت امکان به محکوم، یک اتاق با وسایل لازم داده شود و هرگاه محکومان به طور دستهجمعی نگهداری شوند، باید منتهای کوشش و دقت در انتخاب افراد یک گروه صورت بگیرد- مخصوصا باید موقع خواب و شبها بازدید و نظارت بیشتری درباره آنها اعمال شود.
محکومان جرایم مواد مخدر و روانگردان نباید در میان دیگر زندانیان عادی نگهداری شوند. محل نگهداری این محکومان، اردوگاههای کاردرمانی است و زندان نیست؛ مگر اینکه در استانهایی اردوگاه کار درمانی احداث نشده باشد که در این صورت آنها در ندامتگاههای عمومی نگهداری میشوند. این تقسیمبندی براساس تبصره ماده ۲۸ آئیننامه اجرایی سازمان زندانها و اقدامات تأمینی و تربیتی کشور در این باره، لازمالاجرا است.
نکتهای که نباید از آن غافل شد این است که طبق این مقررات، تهدید زندانیان سیاسی و عقیدتی از طرف مسئولان زندان، به انتقال آنان به بند موسوم به «جوانان» یا بند «زندانیان شرور و زیر اعدام»، خلاف مقررات این آئیننامه است و متخلف قابل پیگرد قانونی است.