تا تاریخ ۱۸ مهرماه ۱۳۸۵ بازداشتگاه‌ها فقط به صورت عمومی بودند و هیچ نهادی حق تأسیس و داشتن بازداشتگاه اختصاصی برای خود نداشت. اما در سال ۱۳۸۵ قوه قضائیه با تصویب «آئین‌نامه بازداشتگاه‌های اختصاصی»، به نیروی انتظامی، نیروهای مسلح و نهادهای امنیتی مثل: وزارت اطلاعات، اطلاعات سپاه و حفاظت اطلاعات اجازه داد بازداشتگاه‌هایی اختصاصی تحت نظارت سازمان زندان‌ها ایجاد کنند.
طبق این مجوز، بازداشتگاه‌هایی که توسط وزارت اطلاعات و اطلاعات سپاه پاسداران تأسیس و اداره می‌شوند موسوم به «بازداشتگاه امنیتی» بوده و به متهمان جرایم امنیتی اختصاص داده شده و قضات از اعزام سایر متهمان به این بازداشتگاه‌ها منع شده‌اند.
البته طبق تبصره ماده 4 آئین‌نامه اجرایی نحوه اداره بازداشتگاه‌های امنیتی، مسئولان و کارکنان این بازداشتگاه‌ها ملزم به رعایت حقوق شهروندی متهمان، مطابق «قانون حفظ حقوق شهروندی» و سایر ضوابط مربوطه از جمله آئین‌نامه اجرایی سازمان زندان‌ها و اقدامات تأمینی و تربیتی هستند.
بر اساس این آئین‌نامه، مسئولان و کارکنان این بازداشتگاه‌ها نمی‌توانند به بهانه اختصاصی‌بودن آن، از اجرای قانون حفظ حقوق شهروندی و سایر ضوابط ناظر به بازداشتگاه‌ها خودداری کنند.